Святий Стефан походив з євреїв, що жили за кордоном, тобто за межами Святої Землі. Такі євреї називалися елліністами, так як в них відчувався вплив грецької культури, яка домінувала в Римській імперії. Після зішестя Святого Духа на апостолів Церква стала швидко зростати, і виникла необхідність піклуватися про сиріт, вдів і бідних взагалі, які взяли Хрещення.
Апостоли запропонували християнам виділити сім достойних мужів для опіки нужденних. Посвятивши цих сім чоловік в диякони (що означає помічники, служителі), апостоли зробили їх своїми найближчими помічниками. Серед дияконів виділявся своєю міцною вірою і даром слова молодий Стефан, званий архідияконом, тобто першим дияконом. Незабаром диякони, крім допомоги бідним, стали приймати найближчу участь в молитвах і богослужіннях.
Стефан проповідував в Єрусалимі слово Боже, підкріплюючи істинність своїх слів знаменнями і чудесами. Успіх його був дуже великий, і це порушило проти нього ненависть ревнителів закону Мойсея – фарисеїв. Вони схопили його і потягли в синедріон – вище судилище у євреїв. Тут фарисеї поставили фальшивих свідків, які стверджували, що він у своїх проповідях ображає Бога і пророка Мойсея. У своє виправдання святий Стефан виклав перед синедріоном історію єврейського народу, показуючи на яскравих прикладах, як євреї завжди були проти Бога і вбивали посланих Ним пророків. Члени синедріону слухаючи його, все більше розгорялися гнівом.
В цей час Стефан побачив, як над ним розкрилося Небо, і він вигукнув: «Я бачу відчинене небо, і Сина Людського, що стоїть по правиці Бога» (Деян.7: 56). Почувши це, члени синедріону прийшли у велику лють. Затикаючи свої вуха, вони кинулися на Стефана і повели його за місто. Тут, як закон наказував, свідки, перші звинуватили Стефана, першими стали побивати його камінням. При цьому був присутній юнак, ім’ям Савл, якому було доручено стерегти одяг каменуючих. Він схвалював вбивство Стефана. Падаючи під градом каменів, Стефан вигукнув: «Господи Ісусе! Не постав їм гріха цього і прийми дух мій». Подію цю і мову Стефана перед синедріоном описав євангеліст Лука в книзі Діянь апостолів, глави 6-8.
Так архідиякон Стефан став першим мучеником за Христа у 34 році після Р.X. Після цього почалося в Єрусалимі переслідування християн, від якого вони змушені були тікати в різні частини Святої Землі і в сусідні країни. Так християнська віра стала поширюватися в різних частинах Римської імперії. Кров первомученика Стефана не пролилася даром. Незабаром Савл, схвалюючи це вбивство, увірував, хрестився і став знаменитим Павлом – одним з найуспішніших проповідників Євангелія. Через багато років Павло, відвідавши Єрусалим, був теж схоплений розлюченим натовпом юдеїв, які хотіли побити його камінням. У своїй бесіді з ними він згадав про безневинну смерть Стефана і про свою участь в ній (Деян.22).
Після того, як святий первомученик архідиякон Стефан був побитий іудеями камінням, святе тіло його кинули без поховання на поживу звірам та птахам. Однак на другу ніч знаменитий юдейський законовчитель Гамаліїл, який почав схилятися до віри в Ісуса Христа як в Месію і захистив апостолів у раді (Деян.5: 34-40), послав відданих йому людей взяти тіло первомученика. Гамалиїл поховав тіло мученика на своїй землі, в печері, недалеко від Єрусалима. Коли помер таємний учень Господа, Никодим, що приходив до Нього вночі (Ін.3: 1-21, 7: 50-52, 19: 38-42), Гамалиїл також поховав його біля труни архідиякона Стефана. Потім і сам Гамалиїл, який прийняв Святе Хрещення разом зі своїм сином Авівом, був похований біля гробу первомученика Стефана і святого Никодима. У 415 році мощі святих були чудесним чином знайдені і урочисто перенесені до Єрусалиму архієпископом Іоанном разом з єпископами Єлевферієм Севастійським і Єлевферієм Єрихонським. З того часу від мощей почали відбуватися зцілення.
Згодом, при святому благовірному цареві Феодосії Молодшому (408-450), мощі святого первомученика Стефана були перевезені з Єрусалиму до Константинополя і покладені в церкві на честь святого диякона Лаврентія, а по створенні храму на честь первомученика Стефана перенесені туди 2 серпня.
Частинки мощей архідиякона Стефана знаходяться у різних куточках світу. Десниця первомученика зберігається в Серапіонових палатах Троїце-Сергієвої Лаври. Палець лівої руки святого на початку ХVIII століття був принесений в Києво-Печерську Лавру з молдавського Нямецького монастиря архієпископом Пахомієм.
Після вибуху Успенського собору 3 листопада 1941 року святиня була похована під руїнами храму, звідки її витягли у 1963 році при розбиранні завалів, і перенесена до фондів Києво-Печерського заповідника, а потім відреставрована.
У 1989 році, на прохання монастирської братії, срібний ковчег з мощами святого архідиякона Стефана був переданий на зберігання Святій Успенській Києво-Печерській Лаврі. Нині велика православна святиня знову зайняла місце в срібній позолоченій раці у відновленому Успенському соборі, де кожен віруючий може прикластися до мощів святого Стефана.
